De indeling van de natuurtypen van stilstaande wateren voor Vlaanderen werd opgemaakt door Haskoning-Belgium. Ze vertrekt van twee belangrijke basisaspecten van de waterkwaliteit: ionensamenstelling en de voedselrijkdom. Onder ionensamenstelling wordt de som van alle in het water aanwezige, opgeloste ionen begrepen, terwijl tot de nutriënten (maat voor voedselrijkdom) enkel stikstof- en fosforhoudende ionen gerekend worden. De opsplitsing volgens ionenrijkdom en nutriënten resulteert in een driedeling: 1. brakwater (Na en Cl als dominante ionen), 2. zoet, voedselarm water met verdere opdeling gaande van niet gebufferd, zuur water (regenwater) tot zeer gebufferde (gevoed met grondwater) wateren en 3. zoet voedselrijk water.

Doordat bij een hoge voedselrijkdom enkel de zeer tolerante soorten overblijven, kan over de verschillende waterkwaliteiten heen één (hyper)eutroof type beschreven worden. Binnen de mineralenrijke watertypen zijn de grootte van het wateroppervlak en de diepte nog belangrijke complementaire fysische component.

Binnen de biotoop ‘stilstaande wateren worden volgende natuurtypen onderscheiden:

1. Brak water
   • Zannichellia-Ruppiatype (polders, kust)
2. Zoet, ionenarm water
   • Veenmos-Snavelzeggetype (Kempen, Vlaamse zandstreek)
   • Drijvende Waterweegbreeoeverkruidtype (Kempen, Vlaamse zandstreek)
   • Knolrus-Veenmostype (Kempen, Vlaamse zandstreek)
   • Pitrus-Wolfspoottype (Kempen, Vlaamse zandstreek)
3. Zoet, ionenrijk water met klein oppervlak
   • Paarbladig fonteinkruid-Knopbiestype (duinen, leemstreek)
   • Vlottende bies-Pilvarentype (Kempen, Vlaamse zandstreek, Leemstreek, Maas)
4. Zoet, (matig) ionenrijk water met relatief groot oppervlak
   • Kikkerbeet-Krabbescheertype (Kempen, Vlaamse zandstreek, Leemstreek)
   • Hoornblad-Watergentiaantype (Kempen, Vlaamse zandstreek, Leemstreek, Maas)
   • Waterviolier-Gewoon kranswier (Kempen, Vlaamse zandstreek, Leemstreek)
   • Waterlelie-Gele plomptype (Kempen, Vlaamse zandstreek, Leemstreek, Maas)
   • Kroos-Schedefonteinkruid (Kempen, Vlaamse zandstreek, Leemstreek, duinen, polders)

Door het INBO werd daarnaast een Typologie voor oppervlaktewateren opgemaakt in het kader van de Europese Kaderrichtlijn Water.

Beschrijving van de natuurtypen in Vlaanderen: Stilstaande wateren